І-етап проводиться у жовтні в кожному навчальному закладі окремо за власними завданнями, які укладають спеціальні предметно-методичні комісії. Порядок проведення, персональний склад оргкомітетів, предметно-методичних комісій та журі, експерти-консультанти I етапу олімпіад, а також рішення відповідних оргкомітетів затверджуються наказами керівника навчального закладу. Зазвичай до участі в цьому етапі допускаються усі бажаючі учні 5-11 класів. Звіти проведення І етапу олімпіад з навчальних предметів навчальні заклади подають у визначені строки до оргкомітетів II етапу відповідно до територіального розміщення.

II етап проводиться в листопаді-грудні під керівництвом районних (міських) управлінь (відділів) освіти (призначають наказом журі, оргкомітет, предметно-методичні комісії та експертів-консультантів) за сприяння управлінь освіти і науки обласних, Севастопольської та Київської міських державних адміністрацій. До участі в II етапі допускаються лише ті учасники, що визначені як переможці І етапу в своєму навчальному закладі. Цей етап проводиться серед учнів 6-11 класів. Звіти проведення II етапу олімпіад з навчальних предметів подаються до оргкомітетів III етапів у визначені строки відповідно до територіального розміщення.

III етап учнівських олімпіад проводиться серед учнів областей, Києва та Севастополя у січні-лютому. До участі в III етапі допускаються лише ті учасники, що включені до заявки за результатами II етапу в своєму районі, місті, районі міста.

IV етап є заключним і проводиться щороку наприкінці березня в одній з областей України часто одночасно з кількох предметів у різних населених пунктах. Учні приймають участь в цьому етапі у складі команд: 24 команди областей, команди Автономної республіки Крим, міст Києва та Севастополя та Українського фізико-математичного ліцею (лише олімпіади з математики, фізики, інформатики, інформаційних технологій, хімії та астрономії). Кількісний склад команд щороку визначається відповідним наказом Міністерства освіти і науки України у відповідності до успіхів відповідних команд на заключному етапі двох попередніх навчальних років. Вікові обмеження для учасників також визначає профільне міністерство.